Водород: целостность формы — исследования механизмов
Юпитер · Дерево · нарушение операции называется фрагментацией · 25–30 карточек
Биохимия
Операция: держать целое водородными связями. Каждая слабая, вместе держат всё.
Особенность: единственный элемент, где сломанное состояние самовоспроизводится и термодинамически устойчивее нормы. Амилоид прочнее нативной формы и работает матрицей для новых.
| Ось | Что нарушено |
|---|---|
| П не проходит | градиент утекает мимо АТФ-синтазы |
| И не различается | ненативное не отбраковывается |
| В не выключается | агрегация размножается — фибрилла работает матрицей |
Пятый тип — износ: рацемизация. К семидесяти годам 4,5% остатков серина и более 9% Asx переходят в зеркальную форму. Хиральность есть условие укладки — рацемизация делает нативную форму недостижимой.
Направления исследований
Семь пронумерованных направлений. Идентификатор — постоянный адрес темы: карточки публикуются под ним (H·01-1, H·01-2 и далее).
H·01Неправильная укладка и амилоид ⛓
Белок держит форму сетью водородных связей. При неправильной укладке цепочка складывается в «стерическую молнию» — плотную бета-складчатую структуру, держащуюся множеством водородных связей между слоями. Эта структура оказывается энергетически выгодней нативной формы белка.
protein misfolding amyloid steric zipperhydrogen bond network amyloid stabilityamyloid thermodynamic minimum polypeptide
Планируется карточек: 6–8
H·02Самораспространение ⛓
Самое тревожное свойство амилоидной формы: она работает как шаблон, заставляя новые молекулы белка сворачиваться по тому же неправильному образцу. Тау-белок при болезни Альцгеймера распространяется по нейронной сети именно таким образом.
prion-like propagation template seedingtau spreading neuronal network
Планируется карточек: 4–5 · смежная тема: P·03
H·03Протонный градиент
Водород держит митохондриальную мембрану под напряжением — протоны накачиваются по одну сторону и вращают АТФ-синтазу при прохождении обратно. Если мембрана протекает, градиент утекает мимо турбины, и энергия рассеивается в тепло вместо АТФ.
proton gradient uncoupling membrane potentialcomplex I deficiency Leber optic neuropathyMT-ATP6 mutation Leigh NARP
Планируется карточек: 5–6 · смежная тема: P — ось «P ← H»
H·04Износ: рацемизация ⛓ — пятый тип
Идёт в тканях, которые не обновляются: хрусталик глаза, миелин, эластин лёгких, дентин, межпозвонковые диски. Единственная защита — оборот. Есть фермент репарации — протеин-изоаспартил-метилтрансфераза, но в тканях без обмена он не успевает за всем уследить.
D-aspartate racemization aging long-lived proteinslens crystallin racemization cataract UVprotein isoaspartyl methyltransferase repairracemization molecular clock tissue age
Планируется карточек: 6–8
H·05Контроль качества укладки
Шапероны распознают неправильно свёрнутый белок и либо дают ему второй шанс, либо направляют на утилизацию. Эта система контроля — первая линия защиты от амилоидогенеза, описанного в H·01.
chaperone protein quality control proteostasis
Планируется карточек: 4–5
Клинический и житейский слой водорода — разборы для читателя: Подпустить и остаться собой · Не отделяйся: слияние как форма разобщения
Где этот раздел не сходится
- Метки для водорода не установлены ⚠
- Разделение осей при болезни Альцгеймера не проверено ⚠
Показывать границу модели — часть метода. Полный список расхождений, отклонённых гипотез и условий опровержения: где система не сходится.
Куда дальше. Общая цепь от атома до психики — в общей части. Как устроена вся модель — на теоретической странице. Терапевтическая работа с фрагментацией идёт в группе «Обретение целостности».